Alkalmazott számítógépes szimulációk

tételsor Tóth Gergely anyagából

2007/2008. tanév I. félév

1. mechanikai alapismeretek, sokaságok, állapotösszeg és kapcsolata a termodinamikai függvényekkel, párkorrelációs függvény, ekvipartíció
2. Monte Carlo szimuláció alapjai, súlyozott mintavétel, Metropolis algoritmus, gyakorlati megvalósítás, merev molekulák esete
3. potenciálok: intermolekuláris, intramolekuláris, site-site reprezentáció, egyesített potenciálok, paraméterek meghatározása
4. molekuláris dinamika I.: mozgásegyenletek, Verlet integrálások, prediktor-korrektor integrálás, programok algoritmusa , integrálások összehasonlítása
5. molekuláris dinamika II.: erőszámítás gyakorlati megoldásai, merevgömbi algoritmus, merev és részben merev molekulák
6. T, U, C_v, P, F (m, S, G) és hiba számolása, metadinamika
7. dinamikai tulajdonságok számolása: transzport általánosan (öndiffúzió, hővezetés, viszkozitás) , lineáris válasz elmélete, korrelációs fv-ek, spektrális sűrűség, Green-Kubo és Einstein formula öndiffúzióra
8. Nose-Hoover termosztálás MD-ben, izoterm-izobár és nagykanonikus MC
9. nemegyensúlyi molekuláris dinamika, kinetikai MC
10. diffrakciós módszerek, szerkezeti függvény, többkomponensű rendszerek mérése, reverse Monte Carlo módszer